La ventaja de cultivar el tomate en un cultivo hidropónicoambiente controlado (en invernadero) es la capacidad de modificar todos los factores relacionados con su desarrollo de forma más minuciosa como cultivar en áreas con suelos no aptos (si se hace con técnica de hidroponia), evitar las pérdidas excesivas de agua por evaporación, control estricto de la temperatura, riego más efectivo, control de los efectos del viento y de la exposición directa a la luz solar y la capacidad de "aislarlo" de las posibles plagas (esto no es totalmente cierto dado que algunas plagas logran ingresar a los invernaderos y requieren acciones más específicas).
Pero, sobre todo la ventaja es poder aislarlo del suelo que en puede aportar salinidad, concentraciones inadecuadas de nitratos y otros minerales, humedad inadecuada, oxigenación pobre de las raíces y enfermedades.
La desventaja de los cultivos hidropónicos estriba en el consumo de energía para el mantenimiento de la temperatura en los invernaderos y lo costoso de la "PRIMERA INVERSIÓN" en implementos de riego. Hay manuales como el Manual de Hidroponia Popular que ofrece técnicas con las cuales se pueden lograr resultados similares a los cultivo muy tecnificados, con una inversión menor y con un costo de mantenimiento relativamente bajo.