El invernadero debe estar localizado en zonas de fácil acceso y diseñado y construido de tal manera que permita evitar o disminuir la contaminación de los cultivos y/o la aparición de plagas y enfermedades. Se debe de contar con un cuarto previo en la entrada del invernadero, con el fin de que el trabajador limpie sus ropas y desinfecte sus zapatos antes de entrar al área de producción. Asimismo en este cuarto se podría poner un ventilador con objeto de que no permita el paso a insectos cuando se quiera entrar al invernadero. Se debe tener cuidado de que no existan accesos (vidrios rotos, aberturas, etc.) para las aves u otros animales, con el fin de evitar que sus heces contaminen el producto.Para cada invernadero, se deberá evaluar la manera de adoptar las Buenas Prácticas Agrícolas mencionadas en esta Guía, haciendo las respectivas adecuaciones en cada parte del proceso (siembra, fertilización, riego, cosecha, etc.), conforme a las técnicas particulares que se emplean en dicha producción.
Agua para sistemas hidropónicos. Se debe contar con un suministro adecuado de agua potable, así como con las instalaciones adecuadas para su almacenamiento y distribución.Es importante que el agua utilizada en cultivos hidropónicos se cambie frecuentemente o en el caso que se recicle, deberá ser tratada para minimizar la contaminación química o microbiológica. Asimismo, los sistemas de aplicación de agua deben mantenerse limpios y asegurarse de que el agua utilizada no esté contaminada. Las plantaciones de los sistemas hidropónicos absorben nutrientes y agua a distintas velocidades, cambiando constantemente la composición de la solución de nutrientes recirculados. Dichos sistemas deben ser monitoreados periódicamente y remplazarlos cuando sea necesario, con el fin de evitar deficiencias y toxicidad. Desagüe y eliminación de desechos. Asimismo, se debe contar con sistemas e instalaciones adecuadas de evacuación y eliminación de residuos, los cuales deberán estar diseñados y construidos a fin de evitar el riesgo de contaminación del producto, los insumos o la red de abastecimiento de agua potable.Riesgos de contaminación asociados a la producción en invernadero. Áreas cercanas contaminadas con sustancias tóxicas. Agua contaminada con sustancias tóxicas o metales pesados. Uso inadecuado de sustancias químicas (fertilizantes, pesticidas, etc.) Mala higiene y sanidad de los trabajadores. Equipo, maquinaria y utensilios sucios o contaminados. Falta de aseo y limpieza en el invernadero. Procedimientos inadecuados de trabajo. Agua contaminada con microorganismos patógenos. Contaminación cruzada del producto. Presencia de objetos extraños en el producto (piedras, clavos, vidrio, plástico, madera, etc.).